Beberapa masalah yang sedang dibahas di komisi II (pemerintahan dalam negeri) adalah:

1)Revisi UU 22/2007 tentang penyelenggara pemilu

·         Masih terdapat dua pendapat tentang keterlibatan DPR dalam pembentukan timsel baik dari masalah jumlah maupun apakah DPR bisa ikut mengusulkan keanggotaan timsel

·         Masih terdapat perdebatan tentang persyaratan bagi anggota KPU maupun bawaslu soal “ tidak pernah menjadi anggota partai politik...dst”

·         Perdebatan tentang boleh tidaknya keanggotaan DK dari partai politik

·         Perdebatan masalah sekretariat DK; apakah dibawah koordinasi sekjen KPU ataukah ia bisa mendiri seperti Bawaslu

·         Mewacanakan adanya sanksi pidana bagi anggota KPU atau Bawaslu yang mundur di tengah masa jabatannya untuk menjadi pejabat politik atau jabatan kenegaraan.

2) Pilkada dan Sengketa pilkada

·         Secara umum daerah yang akan melaksanakan pilkada di tahun 2010 ada 244 daerah yang meliputi: 7 provinsi, 202 kabupaten, dan 35 kota

·         Yang sudah dilaksanakan ada 45 daerah, masih ada 199 pilkada lagi di tahun 2010

·         Sejauh ini, dalam pelaksanaan pilkada ada berbagai masalah yang ditemukan, yaitu

a)       netralitas aparatur pemerintahan

b)       data pemilih ganda

c)       perbedaan tafsir persyaratan pencalonan

d)      perbedaan tafsir coblos tembuse)       pengaturan  bentuk dan lipatan surat suara, dsb.

f)        masalah anggaran pilkada yang belum disepakati, baik sumber dana maupun jumlahnya

 ·         Berbagai masalah di atas mengakibatkan setidaknya ada 23 gugatan ke mahkamah konstitusi. Oleh karena itu ada wacana untuk membuat sebuah pengadilan khusus pemilu/pilkada agar sengketa pemilu dapat diselesaikan dengan segera dan tidak berlarut-larut

3)Pemekaran daerah

·                     Hingga saat ini ada Daerah Otonom Baru terdiri dari:

1         148 DOB yang telah terbentuk 1999-2007 (berusia diatas 3 -10 tahun); evaluasinya adalah berkinerja rata-rata sedang

2         57 DOB usia dibawah 3 (tiga) tahun. Kesimpulan sementara adalah semakin muda daerah tersebut memang masih banyak yang belum memiliki kinerja yang baik. Untuk DOB yang umur pemekarannya baru mencapai 1 tahun, hanya 1 DOB (3,1%) yang masuk kategori baik; namun bagi daerah yang umur pemekarannya 2 tahun, maka jumlah yang berkinerja sedang dan baik juga bertambah.  DOB yang berusia 2 tahun sudah mulai meningkat kesiapan penyelenggaraan pemerintahan, dimana sudah ada 12 DOB (48%) yang masuk kategori baik. Jadi untuk DOB dibawah usia pemekarannya 3 tahun, secara kesuluruhan hasil penilaian menggambarkan bahwa hanya 13 (tiga belas) DOB (22,80%) yang perkembangannya baik.

·         Masalah moratorium; pemerintah mewacanakan adanya moratorium, namun demikian pemerintah belum sepenuhnya konsisten. meski mewacanakan adanya moratorium, namun demikian kebijakan PP no 78 tahun 2007 tentang persyaratan pembentukan daerah otonomi baru masih berlaku. Seharusnya jika pemerintah serius moratorium, pemerintah bisa mencabut PP tersebut. Jadi sebenarnya pemerintah saat ini juga masih gamang/masih belum jelas sikapnya mengenai moratorium.

 Saat ini ada 33 daerah yang sedang diproses pemekarannya di komisi 2